Svérázný klanový systém, jehož počátky sahají ve Skotsku nejméně do raného středověku, se vyvinul zejména v oblasti Skotské vysočiny a do jisté míry může být srovnáván se starobylou rodovou společností. Zdejší obyvatelé příslušeli k velkým skupinám, vedeným obecně uznávanými náčelníky a všichni členové klanu měli většinou společné předky i stejné příjmení (Ve starém galském jazyce slovo clann znamená potomstvo). V dobách míru byl náčelník obvykle patriarchou klanu a nejvyšším soudcem. Od svých podřízených vyžadoval absolutní poslušnost a podřízenost.
Spory mezi jednotlivými klany byly v historických dobách na denním pořádku. Většinou šlo o neshody o dobytek nebo půdu. Extrémním příkladem klanové nenávisti se stal takzvaný glencoeský masakr (ve skotské keltštině „Mort Ghlinne Comhann“- vražda v Glencoe). Ponuré údolí Glencoe bylo na konci 17. století obýváno katolickým klanem MacDonaldů z Glencoe, podporujícím návrat Stuartovců na trůn. Protestantský anglický král Vilém III. Oranžský se chtěl vyhnout konfliktu se Skoty a vyhlásil amnestii pro ty, kteří mu složí přísahu věrnosti – poslední termín byl stanoven na novoroční den roku 1692. Přísaha měla proběhnout před očima smírčího soudce podepsáním dokumentu o spojenectví. Pokud by podpis odmítli, byli vystaveni hrozbě královy odplaty.
Náčelník klanu MacDonaldů z Glenoce, Alastair MacIain, se vypravil na úřad přísahu podepsat na poslední chvíli. 31. prosince 1691 putoval nejdříve do Fort Williamu a žádal Colonela Hilla, správce, aby přijal požadovaný slib. Colonel Hill však namítl, že není kompetentní, aby od něho tento dokument přijal. Poslal MacIaina spěšně do Inveraray, aby předal svou přísahu do rukou Sira Colina Campbella, šerifa z Argyllu. Colonel Hill dal MacIainovi list pro ochranu a dopis pro Sira Colina, ve kterém ho žádal, aby přijal MacIainovu přísahu, protože MacIain přijel ke Colonelu Hillovi před stanoveným termínem. Colonel Hill také ujistil MacIaina, že proti němu nebudou podniknuty žádné kroky bez toho, aniž by měl příležitost vysvětlit své zdržení před králem a jeho koncilem. MacIainovi trvalo tři dni než se dostal do Inveraray, částečně z důvodu špatného počasí, částečně proto, že byl na jeden den zadržen 1. posádkou pěšího regimentu vévody z Argyllu na hradě Balcardine, na příkaz kapitána Drummonda, který se chtěl ujistit, že MacIain nepřijede do Inveraray včas. Když dorazil do Inveraray, musel tři dny čekat na příjezd Sira Colina, který nebyl právě přítomný, protože trávil Nový rok se svou rodinou u jezera Loch Fyne. Po svém příjezdu, Sir Colin neochotně přijal MacIainovu přísahu.
MacIain byl spokojený, že předal svůj slib, a byl přesvědčen, že proti němu ani jeho lidem nebudou podnikány žádné kroky. Bohužel, někdo ve vládě spatřil možnost zničit nepřátelský klan a tak udělat z MacDonaldů odstrašující příklad jedním úderem.
Na konci ledna 1692 se vojenská jednotka o síle cca 120 mužů pod vedením kapitána Roberta Campbella z Glenlyonu, jemuž část ustupujících jakobitských jednotek, které tvořili příslušníci klanů MacDonald z Glencoe a Macdonald z Glengarry, po porážce v bitvě u Dunkeldu v roce 1689 vyplenili území a ukradli dobytek, dorazila do Glencoe a ubytovala se tam. Kapitán Campbell, který sám byl svatbou spřízněn s náčelníkem klanu MacIanem (nejmladší náčelníkův syn byl ženat s neteří Roberta Campbella), byl samozřejmě ubytován v náčelníkově domě. Po dva týdny vojáci využívali pohostinnosti MacDonaldů. 12. února dorazil kapitán Drummond a přivezl kapitánu Campbellovi rozkazy, které jednoznačně nařizovaly povraždit všechny muže.Ještě večer 11. února seděl kapitán Campbell se svými nic netušícími obětmi a hrál s nimi karty a žertoval. Druhý den ráno v pět hodin vtrhli do domu k MacIanovi a brutálně zavraždili vůdce klanu, ale jeho synům se podařilo uniknout. Smrt v nastálém běsnění nalezlo 38 mužů. jeho lidí. Dalších 40 žen a dětí zemřelo na podchlazení, když jim byly zapáleny domy. Zuřila totiž zimní bouře. Jinde stačili členové obou stran varovat další členy klanu, kteří uprchli. Někteří Campbellovi muži odmítli splnit rozkaz – poručík Francis Farquhar a poručík Gilbert Kennedy raději zlomili své meče, než aby uposlechli rozkaz. Byli zatčeni a uvězněni, ale později byli osvobozeni, zproštěni viny a vydali svědectví v soudním procesu proti svým vrchním velitelům. Domy byly spáleny a dobytek odveden. Vilém Oranžský proti vrahům nic nepodnikl. Tento šokující akt porušení staleté tradice pohostinnosti na skotské Vysočině zanechal v paměti obou klanů hlubokou jizvu, která se nezacelila ani po více než 300 letech. Ještě dnes jsou Campbellové považováni za zrádce, kolaborující s nepřítelem. A ještě dnes jsou na některých místech – hlavně tam, kde je silný vliv MacDonaldů – k vidění cedulky No Campbells, please (Vstup Campbellům zakázán). Dokonce i mezi Skoty, kteří emigrovali do světa, často existují napjaté vztahy mezi MacDonaldy a Campbelly. Před pár lety došlo k pobouření veřejného mínění ve skotském Glencoe, místě osudového masakru, kde bylo je zřízeno návštěvnické centrum pro turisty. A vedoucím střediska se stal muž s příjmením Campbell! Hlavní iniciátorkou petice proti tomuto jmenování byla jistá paní MacDonaldová. Převažující červená barva tartanu MacDonaldů a temná zeleň Campbellů se jen tak snadno nesmísí.
Po staletí trvající a do detailů propracovaný klanový systém, spojený s tradičními zvyky a tradičním oblékáním, byl zcela rozprášen a zničen po osudové bitvě u Cullodenu roku 1746, kdy bylo poraženo poslední skotské povstání proti anglické nadvládě. Jakobitské povstání (nazývané podle Jakuba Stuarta, syna posledního stuartovského krále Anglie Skotska a Irska), podporované na Vysočině katolickými skotskými klany, které usilovali o návrat Stuarovců na britský trůn (Velká Británie vznikla v roce 1707 dobrovolným spojením Anglie a Skotska), však bylo po prohrané bitvě tvrdě potlačeno. Bitva byla vybojována za bouře s nevycvičené vojsko, které vedl nezkušený mladý pretendent Karel Eduard Stuart (nazývaný pro svoje mládí a hezkou tvář Bonnie Prince Charlie), pronásledovala profesionální armáda pod vedením vévody z Cumberlandu, mladšího syna krále Jiřího II. Po tomto fiasku připadlo prakticky celé území skotské Vysočiny, původně náležející klanům, anglickému králi. Klanový systém se neodvolatelně rozpadal.
Klany v současné době sice existují spíše jen podle jména, ale pro Skoty jsou zdrojem rodové pýchy a mnozí z nich dosud stále žijí na území, které v minulosti jejich klanu náleželo. Na skotskou Vysočinu však stále častěji přijíždějí i Skotové žijící mnoho generací v zahraničí. Jejich předkové kdysi museli opustit svou půdu, současní potomci se nyní snaží vystopovat vlastní původ.